Việc áp dụng HACCP ở Việt Nam bắt đầu từ những năm 1990 đối với ngành chế biến thủy sản do yêu cầu của các thị trường nhập khẩu thủy sản của Việt Nam. Hiện nay HACCP đã được áp dụng cho nhiều loại hình sản xuất, chế biến thực phẩm.

Các doanh nghiệp sản xuất, chế biến thực phẩm ở Việt Nam thường xây dựng hệ thống HACCP và được chứng nhận theo một trong các tiêu chuẩn như TCVN 5603:2008 (phiên bản cũ là TCVN 5603:1998), HACCP Code 2003 (của Australia)...